Prosím o radu. Mám otázku ohledně dlouhodobého nehmotného majetku s dobou odpisování 72 měsíců. Zajímalo by mě, co se stane se zůstatkovou cenou (tedy dosud neodepsanou částkou) v případě prodeje např. po 2 letech. Půjde celá zůstatková cena do nákladů?

Ano.
A proti těmto nákladům budou výnosy z prodeje.

Jenom je potřeba to pojmout správně. Software není nic jiného než licence.
V licenčních podmínkách může být omezení prodeje - to software dál prodat nemůžete.
Nebo naopak můžete poskytovat podlicence - to software neprodáváte, jen poskytujete licence (čili výnos bez nákladu na vyřazení).